Tras el ascenso a Segunda División en la temporada 1997-1998, el Recre tuvo el reto de mayor calibre económico de su historia. Debía reunir unos 2.690 millones de pesetas como capital social, el mayor conocido en la historia del fútbol, en su conversión a SAD para seguir en la LFP. El 29 de julio de 1999, y como resultado de una operación urbanística que tenía como resultado vender los terrenos del Estadio Colombino en la Isla Chica para construir un nuevo estadio en el Recinto Colombino, depositó el capital social, que casi en su totalidad lo pagó la empresa municipal Huelva Deporte, creada por el Ayuntamiento a tal efecto.

Así pues, el Recre sigue siendo de Huelva, pues sus acciones han sido compradas por socios y, casi en su totalidad, con dinero de las arcas públicas municipales, con dinero DE TODOS LOS ONUBENSES. A pesar de haber adelantado el alcalde de Huelva, Pedro Rodríguez, que el primer presidente del consejo de administración del Real Club Recreativo de Huelva, S.A.D., sería Diego de la Villa Ortiz último presidente del Recreativo como club deportivo, la junta directiva presentó su dimisión en pleno y en enero de 2000 se eligió al primer consejo de administración, presidido por D. José España, Prieto. Entre las anécdotas que vinculan al Recreativo con otros clubes importantes destaca la de la Real Sociedad, que tomó los colores del Decano y al que le encargaba la compra de la indumentaria, pues era exactamente la misma.

Y en mayo de 2002 el Decano dio un paso más en su progresión después de pasar por penurias económicas y deportivas y de la mano de Lucas Alcaraz y con D. Francisco Mendoza, antiguo directivo, como presidente el conjunto onubense volvió a Primera División. El logró quedó registrado sólo meses después de que el Recreativo estrenara su tercer estadio en 113 años, el Nuevo Colombino, con capacidad para 20.000 espectadores y ubicado en los terrenos de la Pescadería. Un Recre-Newcastle (3-0) sirvió para inaugurar las instalaciones, el 8 de noviembre de 2001, y sólo seis días después la selección española visitó por primera vez Huelva, para enfrentarse en partido amistoso a la selección de México (1-0).

La centenaria historia del Recreativo, sin embargo, sigue abierta, muy abierta, como demuestra el hecho de que el 5 de marzo de 2003 el conjunto albiazul, con Alcaraz todavía en el banquillo, consiguió por primera vez clasificarse para la final de la Copa del Rey.