En 1909 recibe el título de REAL de manos de Alfonso XIII, al aceptar ser presidente de honor, título que con legítimo orgullo lucía en sus timbres entes incluso que la propia Federación Española de Fútbol. Es también por estas fechas cuando el Recreativo se hace afiliado de la F.I.F.A, contribuyendo obligatoriamente con una cuota de 25 pesetas anuales.

En ese mismo año de 1.909, cuando el Recre recibió una carta de Emilio Coll de la Sociedad Gimnástica Española, Emeterio Muga del Comité de Concursos Atléticos de Valencia, Hans Gamper, del F.C. Barcelona, y don Narciso Másferrer del periódico "El Mundo Deportivo", para que mostrase su opinión sobre el proyecto de una futura "Federación Española de Clubs de Foot-Ball" y la comisión organizadora invitó al equipo onubense a nombrar un delegado para que asistiera a las reuniones del comité, cuyas reuniones fueron muy laboriosas, pero que desembocaron en la fundación de la Federación, que años después recibiría el calificativo de real. Fue campeón de Andalucía desde 1903 hasta 1914, último año en el que lo ganaría y que posteriormente recuperaría dos temporadas después. Además es el primer equipo extranjero que triunfa en Portugal, venciendo en 1920 al todopoderoso Sporting de Lisboa. Ya desde 1918 había reiniciado sus participaciones en el Campeonato de España, enfrentándose a equipos de la talla del Real Madrid. Al mismo tiempo seguiría inscrito en la Federación Regional Andaluza, hasta que en la temporada 1939/40 se produce su primer ascenso a categoría nacional, concretamente al grupo VI de la Segunda División. El Recreativo perdería esa misma campaña la división alcanzada, no pudiendo recuperarla hasta la temporada 1956/57.

En 1978 juega su única temporada en la Primera División. El ascenso se consiguió teniendo como entrenador a Eusebio Ríos y bajo la presidencia de D. José Martínez Oliva. La campaña siguiente vuelve de nuevo a la Segunda División, categoría que mantendría hasta la temporada 1989/90, donde descendería hasta la 2ª B y el Recreativo pasaría por sus años más difíciles, estando incluso a punto de la desaparición. Una vez superado sus problemas económicos y a base de sangre, sudor y lágrimas, se consigue sanear el club y hacer del Recreativo uno de los equipos con un modelo de Gestión ejemplar para todo el fútbol Español, el Real Club Recreativo de Huelva consigue en 1998 el ansiado ascenso a Segunda División.